生物制藥潔凈車間高風險操作區，如灌裝區、放置膠塞桶和與無菌制劑直接接觸的敞口包裝容器的區域及無菌裝配或連接操作的區域，應當用單向流操作臺(罩)維持該區的環境狀態。單向流系統在其工作區域要均勻送風，風速為0.36-0.54m/s(指導值)。應當有數據證明單向流的狀態并經過驗證。在密閉的隔離操作器或手套箱內，可使用較低的風速。這種級別叫做A級。

潔凈工程節能除以上所說的方面，還可以根據合適的潔凈度等級、溫度、相對濕度等參數做適當調整。要安全衛生的車間我們要從降低生物制藥潔凈車間的污染值開始。潔凈室空氣的主要污染源不是人，而是新型建筑裝飾材料、清潔劑、粘接劑、現代辦公用品等。因此，使用低污染值的綠色環保材料可使藥廠潔凈室的污染狀態降到更低，這也是減少新風負荷，降低能耗的很好的途徑。

生物制藥潔凈車間的照明對潔凈工程節能也有非常大的影響，制藥廠潔凈室照明應以能滿足工人生理、心理上的要求為前提。對于高照度操作點可以采用局部照明，而不宜提高整個車間的最低照度標準。同時，非生產房間照明應低于生產房間，但以不低于100流明為宜。